Pain (ペイン) adalah Ketua Akatsuki. nama aslinya adalah Nagato. Tak ada satupun anggota Akatsuki, selain Konan yang memanggilnya dengan namanya tetapi hanya menggunakan kata "pemimpin" saja, dan wajahnya sangatlah jarang diperlihatkan. Dia memiliki kehormatan paling besar di antara rekan-rekannya (pengecualian untuk Hidan yang termasuk anggota baru) dan dialah yang mengarahkan aksi-aksi mereka. Dia jugalah yang menciptakan jutsu untuk mengeluarkan monster berekor (bijuu) dari jinchuuriki.Dia juga bisa menggunakan "teknik pengubah bentuk" (象転の術 Shōten no Jutsu) yang dapat menduplikasikan rekan-rekannya dengan menggunakan korban manusia, menjadikan mereka dapat melawan musuh tanpa melukai dirinya. Hasil duplikasi ini sangatlah mirip dengan aslinya, bahkan bisa memiliki kekkei genkai dan senjata khusus seperti yang asli. Kemampuannya seimbang dengan jumlah chakra yang diberikan kepada masing-masing hasil duplikasi ini.Ketika tiba saatnya berkumpul, Pain dapat memanggil rekan-rekannya bahkan dari tempat yang sangat jauh dengan menggunakan telepati. dia juga dapat menggunakan jurus gedo mazo untuk mengendalikan mayat-mayat.
Meskipun Pain kelihatannya memegang otoritas terhadap anggota Akatsuki, Ia sendiri mengatakan bahwa masih ada seseorang yang berada di atas dia. Setelah kematian Deidara, orang ini menugaskan Pain untuk menangkap Naruto secara langsung, dan tidak menerima kegagalan. Identitas orang ini kemudian diketahui, yang tidak lain adalah Tobi, yang juga adalah Madara Uciha yang merupakan dalang dari Akatsuki. Konan mengatakan bahwa Pain tidak pernah kalah dalam pertarungan oleh siapapun atau apapun.
Walaupun Pain biasanya digambarkan tanpa nama, ia dilukiskan berambut pirang di sampul bab 317. Ia diperlihatkan duduk pada sebuah patung aneh yang dipenuhi banyak pipa, serta mengomentari Hidan dan Kakuzu yang selalu membuat masalah. Patung ini terletak pada sebuah kota yang lebih modern dari biasanya. Kota ini memiliki pipa-pipa yang mirip seperti di patung tersebut yang terletak pada berbagai jenis gedung-gedung. Ia juga memiliki mata yang tidak lazim.
Pain digambarkan memiliki pengetahuan sejarah masa lalu berbagai macam desa, dan juga yang mendasari kondisi polotik dan ekonomi pada kebanyakan negara. Ketika Hidan menggambarkan tentang ninja Konoha sebagai ninja yang "jahat dan kafir", Pain memberikan gambaran singkat mengenai Will of Fire Konoha, dan kemudian diteruskan dengan penjelasan bahwa semua negara memiliki beberapa persamaan dalam praktek untuk membenarkan pertarungan.
Diketahui dari bawahan Pain yang di tangkap Jiraiya, ternyata Pain adalah orang yang sangat hebat dan kuat. Dia berhasil membunuh Salamander Hanzou yang saat itu tak berhasil dikalahkan oleh tiga sannin konoha. Pain juga diketahui memiliki 6 tubuh yang tersimpan di ruangan tersembunyi. Keenam tubuh itu ialah Animal, Naraka, Asura, Deva, Human, dan Preta. Tubuh-tubuh tersebut semuanya memiliki mata Rinnegan, dan kekuatan yang sama. Baru diketahui bahwa Pain adalah salah satu mantan anak didik Jiraiya bersama dengan Konan yang dilatih saat dia dan kedua sannin yang lain menghadapi perang dengan Amegakure.
Sasaran Bijuu Pain ialah Kyuubi si ekor sembilan di dalam tubuh Naruto Uzumaki. Karena itu, dia menyerang Konoha untuk mencari Naruto dan membawanya ke sarang Akatsuki. Pain juga hampir dapat mengalahkan Kakashi namun mengorbankan satu tubuh Pain yaitu Asura. Asura diperbaiki lagi,namun dikalahkan oleh Naruto
Konan
Konan (小南) merupakan satu-satunya anggota perempuan dalam organisasi Akatsuki. Ia memiliki rambut berwarna biru dengan tambahan aksesoris bunga kertas, tetapi dari semua itu, anggota ini masih menyisahkan banyak misteri. Namun, di ketahui bahwa sewaktu kecil, Konan mempunyai hobi membuat origami dan di kenal sebagai gadis yang peramah. Konan memiliki kemampuan untuk memisahkan dirinya menjadi berlembar-lembar kertas yang dapat berubah bentuk menjadi origami kupu-kupu. Namun ninjutsu itu tidak berhasil jika tubuh Konan dibasahi dengan zat cair.Baru diketahui bahwa Konan adalah bekas anak didik Jiraiya saat dia dan kedua sannin yang lain menghadapi perang dengan Amegakure.Disebutkan di komik naruto vol.48 Konan merupakan teman Nagato dan Yahiko yang merupakan korban perang dari 3 desa shinobi yang sudah besar(Iwa,Konoha dan Suna) Konan menolong Nagato,saat Nagato hampir mati kelaparan,kemudian Konan menjadi anggota organisasi Amegakure yang diketuai oleh Yahiko.
Konan mati dibunuh oleh Madara Uchiha(Tobi)di chapter 510.
Zetsu
Zetsu (ゼツ) adalah seorang ninja pelarian misterius. Tidak banyak yang diketahui tentang dia, selain kesetiaannya kepada Akatsuki dan fungsinya sebagai seorang mata-mata. Kepalanya diselubungi oleh semacam tudung seperti tanaman Venus penangkap lalat yang besar, yang juga membungkus tubuhnya. Bagian kanan dari wajah dan tubuhnya berwarna hitam, sedangkan di bagian kiri berwarna putih. Zetzu mempunyai dua kepribadian, di mana bagian hitam dari wajahnya berbicara dalam katakana sedangkan yang bagian putih menggunakan kanji dan kana. Kedua bagian tersebut juga sering berbicara satu sama lain, dan kadang-kadang juga memiliki pendapat yang berbeda, misalnya apakah Tobi diperbolehkan menggantikan posisi Sasori dalam Akatsuki. Matanya berwarna kuning dan tidak memiliki pupil.
Zetsu sering kali menggunakan 蛭万象・防火の術 (Hiru Banshō: Bōka no Jutsu), yang membuatnya bisa bersatu dengan tanah, pohon, dan tumbuhan yang lain untuk perjalanan jarak jauh dengan cepat.Ia juga memiliki kemampuan yang dapat menggerakan tubuhnya selama ritual penyegelan Bijuu berlangsung, di mana tidak ada seorang pun anggota Akatsuki yang dapat melakukannya. Dengan begitu, ia bisa menjadi pengintai selama ritual penyegelan. Untuk memudahkan tugas ini, Zetsu meningkatkan daya penglihatannya untuk melihat jauh, dibandingkan dengan kebanyakan orang. Sebagai tambahan, dalam perannya sebagai mata-mata, Zetsu berfungsi sebagai Ninja Hunter Akatsuki. Ia ditugaskan untuk melenyapkan mayat yang menjadi korban dari "teknik pengubah bentuk" (象転の術 Shōten no Jutsu) Ketua Akatsuki, dan juga untuk menemukan kembali cincin dari Sasori dan Deidara.
Satu-satunya bawahan Zetsu yang diketahui adalah Tobi, yang kemudian menggantikan posisi Sasori di Akatsuki setelah kematian Sasori. Sampai saat ini anggota Akatsuki menganggap Zetsu lebih superior, karena mungkin hanya ia yang seringkali menerima perintah langsung dari Pein.
Tobi
Tobi (トビ), menjadi anggota Akatsuki sesudah kematian Sasori dan menjadi rekan Deidara. Tobi sebenarnya bukanlah Uchiha madara yang di sebut-sebut.karena uchiha madara yang asli telah di hidupkan kembali oleh kabuto dalam perang. toby aslinya adalah salah satu teman masa kecilnya Hatake Kakashi yang sekaligus adalah teman team, yang diketuai oleh ayahnya naruto yang sekaligus Hokage ke-3 Yondaime. Yang di dalamnya terdiri dari Hatake Kakashi, Rin, dan Obito Uchiha, nama sebenarnya dari Tobi. Tobi juga yang memberikan sebelah matanya kepada Hatake Kakashi, yang dalam wujud mata Sharingan.
Tobi sebelumnya adalah bawahan Zetsu. Ia memakai cincin yang sebelumnya dipakai oleh Sasori. Dalam pertarungan Deidara melawan Sasuke, Tobi terperangkap dalam ledakan bunuh diri Deidara. Kemudian Zetsu menduga bahwa Tobi telah mati dalam ledakan tersebut. Tidak seperti kebanyakan ninja pada umumnya, Tobi tidak menggunakan pelindung kepala sehingga desa asalnya masih belum diketahui, sampai Ia mengungkap identitasnya sendiri setelah kematian Deidara, bahwa ia adalah ninja pelarian Konohagakure. Ia memakai topeng aneh yang menutupi seluruh wajahnya, sehingga hanya mata kanannya saja yang terlihat, yang kemudian diketahui adalah Sharingan.
Keahlian Tobi masih belum jelas, karena tidak pernah diperlihatkan bagaimana ia bertarung. Ia dan Deidara mengalahkan Bijuu berekor tiga, tetapi Tobi diperlihatkan tidak melakukan apa-apa, melainkan ia lari dari Bijuu tersebut. Setelah pertarungan, Tobi mengklaim bahwa ia mengalahkan Bijuu tersebut hanya dengan satu serangan. Deidara tidak setuju dan mengatakan bahwa itu adalah sebuah "kontribusi seni" (ledakan tanah liat) yang membawanya pada kemenangan. Dalam pertarungannya melawan Sasuke, Tobi menunjukan kemampuannya untuk memulihkan diri dari serangan yang fatal. Setelah terpotong oleh pedangnya Sasuke, Tobi terjatuh dan kembali berdiri hanya dalam beberapa detik dan hanya mengeluh tentang kecepatan serangan tersebut. Dari sini, Tobi tidak lagi mempertunjukan teknik apapun. Menurut Pein, seseorang seperti Tobi bisa didapatkan kapan saja jika dibutuhkan, sedangkan Deidara digambarkan unik, menyatakan secara tidak langsung bahwa Tobi adalah salah satu anggota terlemah dalam Akatsuki
Tobi memiliki gaya bicara yang resmi dan benar. Walaupun penampilan fisiknya masih menyisahkan misteri, Zetsu secara tidak langsung menyatakan bahwa Tobi masih muda, sementara sisi yang lain dari Zetsu mengatakan bahwa Tobi adalah "anak baik". Tobi sangat menghormati Deidara, dan sering memanggilnya dengan sebutan Deidara-sempai. Kepribadian Tobi agak sedikit ganjil jika dibandingkan dengan anggota Akatsuki yang lain. Sementara anggota yang lain sangat berdedikasi dan serius, meskipun sering terjadi pertentangan pendapat, Tobi lebih santai dan agak konyol seperti Naruto. Kepribadiannya tidak disukai Deidara, yang meyakini bahwa semua Akatsuki seharusnya bersikap serius dan tenang. Tobi tanpa sengaja sering menjengkelkan Deidara yang mengakibatkan Deidara menyerang Tobi dalam sebuah aksi komedi. Di sisi yang lain, Kisame menghargai kemampuan Tobi yang membuat ceria dalam organisasi mereka yang suram.
Sasori (サソリ), juga dikenal sebagai Sasori si pasir merah (赤砂のサソリ Akasuna no Sasori), adalah seorang ninja pelarian yang berasal dari Sunagakure. "Sasori" (蠍) juga berarti kalajengking. Setelah kematian kedua orangtuanya, Sasori dibesarkan oleh neneknya, Chiyo, yang mengajarnya segala sesuatu tentang boneka. Setelah teruji mahir dengan kemampuannya, Sasori menggunakan pengtahuan barunya itu untuk mengubah tubuh kedua orangtuanya menjadi boneka dengan usaha agar bisa dicintai. Karena mereka hanyalah boneka tanpa emosi, karya ini menjadi gagal, dan ia meninggalkan Sunagakure selama dua puluh tahun sampai ia diperkenalkan. Suatu waktu setelah meninggalkan desanya, Sasori bergabung dengan Akatsuki dan akhirnya berpasangan dengan Orochomaru. Setelah Orochimaru meninggalkan Akatsuki, Sasori berpasangan dengan Deidara, meskipun dendamnya terhadap Orochimaru selalu dibawanya.
Dalam kemitraannya dengan Deidara, keduanya sering berdebat, khususnya tentang pertentangan pandangan mereka dalam seni. Deidara beranggapan bahwa seni itu adalah sesuatu yang cepat hilang, sementara Sasori meyakini bahwa seni yang bagus adalah sesuatu yang indah yang bisa bertahan lama sampai ke masa depan. Ini mencerminkan sifat dasar individu mereka (Deidara membuat pahatan tanah liat yang bisa meledak, Sasori membuat boneka-boneka manusia yang bisa bertahan lama). Deidara dari luar kelihatannya menghargai keyakinan Sasori terhadap seni, meskipun Sasori tidak menghargai keyakinan Deidara. Ia juga tidak menyukai menunggu dan membuat orang menunggu. Sebagai anggota Akatsuki, Sasori ditugaskan untuk menangkap salah satu dari siluman berekor (Bijuu), walaupun percakapan singkat antara dia dengan Deidara menjelaskan bahwa ia bahkan tidak tahu siluman berekor mana yang harus ditangkapnya.[36]
Dalam pertarungan, Sasori menggunakan boneka-boneka, di mana favoritnya adalah Hiruko (ヒルコ), yang dikendalikan dari dalam untuk melindungi dirinya dari serangan musuh. Karena Sasori sering menggunakan Hiruko, bahkan menghiasinya dengan pakaian Akatsuki, kebanyakan orang hanya dapat menerimanya selama ia menggunakan boneka itu. Jika Hiruko terbukti tidak berguna lagi, Sasori dapat menggunakan dirinya sendiri dalam pertempuran, dikarenakan tubuhnya telah diubah menjadi boneka. Ini juga memberikan keuntungan baginya untuk tampil muda secara tidak wajar. Tubuh boneka Sasori membuat ia dapat mengontrol ratusan boneka dalam sekali melalui mekanisme pada dadanya yang dapat menghasilkan banyak benang chakra. Karena boneka tidak dapat mengendalikan chakra, Sasori telah mengawetkan jantungnya dalam sebuah peralatan berbentuk silinder, yang membolehkannya menggunakan boneka dalam pertarungan. Karena hanya jantungnya yang merupakan bagian yang hidup dari dirinya, tubuh bonekanya pada hakekatnya tidak dapat dihancurkan, sehingga ia dapat kembali ke bentuknya yang semula jika ada bagian remuk.[37] Sebagai tambahan, ia dapat memindahkan jantungnya ke boneka yang lain, dan meninggalkan tubuh yang sudah tidak bisa diperbaiki.
Sebagian besar boneka Sasori terbuat dari tubuh manusia. Setelah organ-organ dalam tubuh dikeluarkan, darahnya dikeringkan, kemudian tubuh tersebut diawetkan agar tidak membusuk, selanjutnya bisa digunakan sebagai "Boneka Manusia" (人傀儡 Hitokugutsu). Karena boneka-boneka ini sebelumnya adalah manusia, mereka sanggup menggunakan chakra dan jutsu, memberikan mereka keuntungan yang drastis di atas boneka pada umumnya. Ia mengatakan bahwa ia memiliki 298 beneka berjenis seperti ini. Boneka manusia favoritnya adalah Kazekage ke-3, yang diculik dan dibunuh sebelum meninggalkan Sunagakure, yang juga berarti ia dapat menggunakan kemampuan khusus Pasir Besi Kazekage ke tiga. Dengan Aka Higi: Hyakki no Sōen (赤秘技・百機の操演)berarti, teknik rahasia merah: Pengendali 100 boneka, Sasori dapat memanggil seratus boneka manusia yang menjadi pasukannya, di mana mereka merupakan lawan sasori yang sudah dikalahkan. Untuk meningkatkan kekuatan serangan bonekanya, Sasori menambahkan racun pada boneka ciptaannya. Efek dari racun ini segera bereaksi dan dapat membunuh targetnya setelah menderita selama tiga hari. Hanya ninja medis yang sangat berbakat yang dapat menciptakan penawar racun ini.
Sasori memiliki sejumlah mata-mata yang tersebar dalam dunia Naruto, yang dikendalikannya melalui pikiran. Salah satunya adalah Yura, yang digunakan Sasori untuk memudahkan Deidara menagkap Gaara. Setelah Deidara berhasil dalam tugasnya dan siluman berekor satu Shukaku berhasil dikeluarkan Akatsuki dari Gaara, rombongan Naruto tiba untuk mendapatkan kembali Gaara. Setelah rombongan ini terbagi untuk bertarung melawan Deidara dan Sasori, Sasori harus berhadapan dengan Chiyo dan Sakura Haruno. Dengan mengendalikan Sakura sebagai boneka, Chiyo berhasil menolongnya menghancurkan Hiruko dan Kazekage ke tiga. Agar bisa memenagkan pertempuran ini, Sasori menggunakan pasukan bonekanya untuk mengalahkan pasangan Chiyo-Sakura, meskipun boneka Chiyo dapat mengalahkannya. Setelah tubuh bonekanya tidak dapat bergerak lagi, Sasori berpindah ke tubuh boneka yang baru, dan berusaha menyelinap untuk menyerang Chiyo, walaupun Sakura menghalang serangan tersebut. Menggunakan kesempatan ini sebagai keuntungannya, Chiyo memanggil boneka kedua orangtuanya, yang telah dipersiapkannya sejak berangkat dari Sunagakure, yang kemudian menusuk jantung Sasori dalam pelukan boneka itu. Sebagai hadiah bagi Sakura yang telah mengalahkannya Sasori memberitahukan tentang mata-matanya Kabuto Yakushi dan kapan serta di mana ia dapat menemuinya.sifatnnya bermuka dua , dan keras kepala, tubuhnnya pendek dalam anggota Akatsuki.
Itachi Uchiha (うちは イタチ Uchiha Itachi) adalah seorang ninja pelarian yang berasal dari Konohagakure, partnernya adalah Kisame Hoshigaki, dan merupakan anggota Akatsuki pertama yang diperkenalkan. Itachi adalah salah satu dari Klan Uchiha yang tersisa, yang lainnya adalah adiknya Sasuke Uchiha dan Madara Uchiha (yang dikenal juga Sebagai Tobi). Ia bertanggungjawab atas beberapa peristiwa dalam serial ini, seperti pembantaian Klan Uchiha dan keluarnya Orochimaru dari Akatsuki. Itachi telah membuka serta menguasai misteri dari Sharingan dan Mangekyou Sharingan. Ia juga adalah seorang ahli yang luar biasa dalam ninjutsu dan genjutsu. Sasaran bijuu Itachi adalah Siluman rubah berekor sembilan. Sedangkan Itachi Uchiha mati bukan karena dibunuh oleh Sasuke. melainkan mati karena sudah kehabisan tenaga dan sudah menderita penyakit parah karena terlalu banyak melatih jurus-jurusnya sejak menjadi ninja saat dikonoha hingga menjadi anggota
